Công ty MT9 áp dụng cơ cấu tổ chức chuyên biệt với Ban Giám đốc và các Trung tâm chức năng tập trung vào ba mảng cốt lõi: Kinh doanh, Triển khai và Dịch vụ Tư vấn đầu tư CNTT. Cấu trúc này đảm bảo quy trình cung cấp giải pháp trọn vẹn, từ việc khai thác nguồn hàng, thực hiện dự án đến giám sát quản lý chất lượng và tài chính. Sự phân chia rõ ràng về vai trò này giúp công ty tối ưu hóa chuyên môn và cung cấp dịch vụ ứng dụng công nghệ chất lượng cao cho khách hàng.

1. Ban Giám đốc:
   • Giám đốc: Là người đại diện hợp pháp của Công ty tr­ước Pháp luật, là người có quyền cao nhất trong Công ty và có trách nhiệm tổ chức, thực hiện quyền hạn, nhiệm vụ đã ghi trong điều lệ công ty. Uỷ quyền và phân công trách nhiệm cho các Phó Giám đốc.
   • Các Phó Giám đốc: Là những ng­ười tham m­ưu, giúp việc cho Giám đốc trong các lĩnh vực theo sự uỷ quyền của Giám đốc và chịu trách nhiệm trư­ớc Giám đốc về những việc được giao hoặc ủy quyền.
2. Trung tâm Kinh doanh
   • Chuyên cung cấp thiết bị, phần mềm đóng gói và dịch vụ về CNTT, điện tử - viễn thông và hội thảo - truyền hình cho khách hàng thuộc mọi thành phần.
   • Khai thác các nguồn hàng, đảm bảo phong phú về sản phẩm.
   • Quan hệ với các nhà sản xuất và nhà phân phối sản phẩm để cập nhật sản phẩm mới cũng như công nghệ kỹ thuật.
3. Trung tâm Triển khai
   • Thực hiện triển khai các dự án CNTT do Trung tâm Kinh doanh xây dựng.
4. Trung tâm dịch vụ tư vấn
   • Cung cấp dịch vụ tư vấn đầu tư cho các dự án ứng dụng CNTT, bao gồm: Khảo sát, lập quy hoạch, chiến lược ứng dụng CNTT, lập báo cáo nghiên cứu khả thi, lập đề cương - dự toán chi tiết; lập báo cáo kinh tế kỹ thuật; lập thiết kế thi công - tổng dự toán; xây dựng hồ sơ mời thầu, đánh giá hồ sơ dự thầu; quản lý dự án, giám sát thi công v.v.
   • Cố vấn, giám sát quản lý chất lượng các sản phẩm đầu ra của Trung tâm Triển khai.
5. Phòng Tài chính - Kế toán
   • Quản lý tài chính của công ty.
   • Tham gia chuẩn bị và thực hiện các dự án: Chuẩn bị tài chính, quyết toán hợp đồng và thanh toán với khách hàng.
   • Thực hiện các báo cáo tài chính, quyết toán thuế theo đúng qui định của Pháp luật.
6. Phòng Hành chính
   • Đảm bảo cơ sở vật chất cho hoạt động của toàn công ty.
   • Chịu trách nhiệm về công tác quản lý nhân sự và tiền lương.
   • Chịu trách nhiệm về các công việc hành chính, bảo vệ v.v.
7. Bộ phận Xuất nhập khẩu và Kho
   • Làm các thủ tục nhập xuất hàng hoá, thiết bị giữa công ty và đối tác, công ty và khách hàng khi có yêu cầu.
   • Theo dõi, báo cáo lượng hàng nhập, xuất, tồn trong kho.
   • Tham gia thực hiện các dự án cung cấp thiết bị.